IE7では問題なく動作してるので、Chromeだけかもしれませんが原因はまだ特定していません。似たような問題がSafariでもあるようですが、こちらはJavaScriptを書き換えて対応しているようです。
http://powercms.alfasado.net/blog/2009/07/tinymce-safari4.html

あとなぜかNP_TinyMCEの最新版がNucleusの3.41などで動かない。他のユーザは動いているようなので、こちらが何度も入れ直ししているせいかもしれないが、これも原因をまだ特定していないのでいまいち不便です。

まったく関係ない話ですが、今日は春のような日和です。こういう日は先日亡くなった、藤田まことの剣客商売などをまったり観ていたい気分です。時代劇なんて昔は全く見なかったけど、鬼平犯科帳と剣客商売だけは外さず見るようになってしまったなぁ・・・。

Nucleusで記事を書く際にこのTinyMCEを使ったプラグインNP_TinyMCEがありますが、こちらも同じくバージョンアップされました。
早速インストールしてみました。パフォーマンスが改善されているようです。

TinyMCE自体には様々な設定値がありますが、それを変更したい場合には
/nucleus/plugins/tinymce/lib/custom_init.php
を書き換えるととよいみたいですね。 Nucleus上ではプラグインの設定画面でも設定値を編集できます。勉強になりました。
設定値の詳細は下記を参照。
http://wiki.moxiecode.com/index.php/TinyMCE:Configuration

たとえば、

cleanup:false　　でHTMLをきれいにしてくれるのをやめさせたり、
remove_trailing_nbsp:false　で を除去させないなど設定できます。